皮肤科是浙江省医学重点学科，为市三医院的特色专科，浙江省皮肤病临床诊治技术指导中心、浙江省中西医结合皮肤病研究中心、中国中西医结合皮肤色素病研究会、杭州市皮肤性病研究所、杭州市皮肤激光治疗中心、浙江省中西医结合皮肤病研究中心挂靠在该科。

近十年来，皮肤科积极开展临床科学研究，强化特色专科建设，使皮肤科成为享誉省内外，并在国内有较高知名度的特色品牌。皮肤科目前开展有白癜风、性病、美容激光、银屑病、甲真菌病、皮肤整形、毛发病、黄褐斑等多个特色专科专病门诊和研究室。皮肤科临床上以中西医结合皮肤性病诊疗为特色，总体水平达到省内领先和国内先进，其中以皮肤色素病为主攻方向，尤其在白癜风的临床和科研上，已达到国内先进、部分领先水平。

皮肤科目前有6个专业实验室（真菌、免疫、性病、细胞培养、分子生物学、病理），是国家中医药管理局二级实验室。并拥有120余种疗效确切、价格低廉、特色鲜明的自制制剂；同时每年举办国家级、省级的继续教育学习班。皮肤科凭借中西医结合的精湛医术、优质的服务，病人遍及海内外，已成为规模、设备全国一流，技术力量雄厚，在国内具有相当影响力的学科。

肛肠科是浙江省医学重点（扶植）学科，浙江省中医药管理局中西医结合重点专科，为浙江省中西医结合肛肠病诊疗中心，杭州市肛肠病诊疗中心，创建于1976年，肛肠科在临床、教学、科研方面得到了快速发展，在省内肛肠界已有知名度，在省外也有一定的影响。目前，肛肠科开展诸如中西医结合治疗慢性结肠炎、便秘、痔、瘘、裂、脱等疾病，以及直肠癌、结肠癌手术；在结、直肠癌根治术，次全结肠切除，盲、直肠吻合术，全结肠切除，回肠、肛门吻合术等方面处于省内领先水平，其中直肠前壁修补、直肠粘膜内固定、耻骨直肠肌部分切除和闭孔内肌移植等手术治疗出口梗阻型便秘，达到国内领先水平。十余年来肛肠科还曾接待过来自日本、新加坡、台湾、香港等地的患者。

血管外科为杭州市血管外科中心，目前是浙江省规模最大，以微创血管外科（腔镜、介入）为特色的专科，目前已成为国内知名的血管病诊治中心。年手术量逾千例，居浙江省血管专科首位，开展外周动脉硬化闭塞症、脉管炎、外伤性动静脉瘘、布加氏综合症、主动脉瘤等疾病的介入和手术治疗，其中下肢静脉曲张、静脉瓣膜功能不全、深静脉血栓、下肢静脉性溃疡等静脉疾病诊治水平国内领先；科室拥有博士、硕士等优秀血管专科医师组成的高素质团队，多次受邀赴美国、欧洲、日本、澳大利亚、东南亚等国家进行学术交流。中心开通国内唯一的24小时血管求助全国热线0571-81816633。

泌尿外科为杭州市泌尿外科微创诊疗中心，目前是杭州市设备最齐全的泌尿外科微创治疗中心，在泌尿系疾病诊疗技术方面，特别是对各种泌尿系结石、前列腺增生症、各种原因尿失禁、泌尿系肿瘤及小儿泌尿外科的微创腔内治疗方面在省内处于领先水平。